Сезон 2. Серии 176 - ... 

Серия 191. Любимая песня Какаши
Рассказ о куноичи из скрытой Деревни Замка Страны Ключа Ханаре, которая по мнению Конохи была шпионкой. Она была схвачена АНБУ скрытого Листа; Иноичи Яманака, пробравшись в сознание Ханаре, узнал, что она видела Какаши в детстве.

Серия 192. Хроники Неджи
Команда Конохомару просит Неджи рассказать историю про великие поступки Наруто. Но Неджи рассказывает о преследовании им, Кибой и Тен-Тен двух шиноби Скрытого Облака, похитивших Хинату. Ребята в недоумении - ведь Наруто не имеет к этому никакого отношения! Но Неджи объясняет им, что Наруто поменял его жизненные взгляды, что является важной частью истории.

Серия 193. Человек, который умер дважды
Наруто встречает призрака человека, ничего не помнящего о своём прошлом. Узумаки узнаёт, что этот человек в данный момент лежит в коме в больнице. Вскоре призрак вспоминает, что он, будучи членом АНБУ, выследил Сабиру, предателя деревни, но проиграл ему в бою в битве и тот поджёг его дом. С помощью Наруто призраку удаётся вывести преступника на чистую воду. 

Серия 194. Худшая тройка - наперегонки
Команде № 7 поручают задание вернуть сокровище сестры лорда феодала. При выполнении миссии Наруто и Саске были связаны грабителями особой «липучей» техникой, а Сакура похищена. Тем не менее героям удалось освободиться и завершить начатое.

Серия 195. Сотрудничество, команда № 10
Шикамару вспоминает миссию, которую поручили командам №7 и №10 тремя годами ранее. Целью было освобождение внучки старейшины одной из деревень. Во время миссии на Шикамару накладывают технику, из-за которой тот не может больше отдавать приказы, и его берут в плен. Но ребятам удаётся спасти товарища и завершить миссию. 

Серия 196. Рывок во тьму
Саске вспоминает о миссиях, порученных команде №7 тремя годами ранее. Саске и Какаши поручают отправится к границе страны Огня, а Наруто и Сакуре сопровождать Нахо - родственницу феодального Лорда в деревню Шизуме. По пути на вторых нападают разыскиваемые ниндзя с целью захватить Нахо; ребят берут в плен. Но позже их находит Саске. Освободив ребят, он побеждает главаря. Во время битвы противник вспоминает Итачи Учиху, что напомнило юноше о его мести.

Серия 197. Шестой Хокаге Данзо
Данзо становится Шестым Хокаге (при этом его полномочия не считаются полностью подтверждёнными до совета джонинов). Получив письмо от Райкаге, он даёт согласие на уничтожение Саске как шиноби-отступника (нукенина). Наруто и Сакура узнают о произошедшем, но по совету Какаши решают пока подождать и не действовать активно. В Коноху прибывают шиноби из деревни Скрытого Облака. Тоби сообщает команде «Така» о разрушении Конохи и назначении Данзо, Саске решает отправиться на Совет Каге дабы там убить нового Хокаге. В этом их сопровождает белая половина Зетсу.

Серия 198. Канун встречи на высшем уровне
Шиноби Скрытого облака пытаются всеми силами добыть информацию о Саске. Данзо поручает Корню АНБУ отыскать Кабуто, опасаясь, что тот знает о его связях с Орочимару. Наруто решает последовать за шиноби Скрытого облака с целью встретиться и поговорить с Райкаге, надеясь, что тот изменит своё мнение о Саске и перестанет считать его преступником. Какаши и Ямато соглашаются сопровождать Наруто.

Серия 199. Появление пяти Каге
Каге скрытых деревень отправляются к месту встречи пяти Каге (в Страну Железа). Наруто, Какаши и Ямато преследуют шиноби Скрытого Облака; им удаётся нагнать группу во главе с Райкаге. Команда «Така», а также белая часть Зетсу, пытаются проникнуть в Страну Железа.

Серия 200. Появление пяти Каге
Наруто получает от Райкаге отказ в помиловании Саске. Сам Саске и его команда, сидя в засаде, готовятся к нападению на Данзо. Начинается совет Пяти Каге: между лидерами деревень сразу возникают разногласия. Тем не менее они соглашаются с тем, что для противостояния Акацуки необходимо создание военного альянса. Председатель собрания Мифуне предлагает Данзо на роль руководителя альянса. 

Серия 201. Трудное решение
Сакура, Сай, Шикамару понимают, что им самостоятельно необходимо захватить Саске, чтобы тот не стал причиной войны между деревнями. На Совете Каге один из сопроводителей Мизукаге, Ао, с помощью бьякугана узнаёт, что Данзо пересадил себе шаринган Шисуй Учихи, с помощью которого на собрании контролировал Мифуне, и разоблачает его. В тоже время в зале заседаний появляется Зетсу и сообщает Каге, что в здании находится Саске. Тоби перемещается к Наруто, чтобы поговорить с ним. 

Серия 202. Грозовой шторм
Сразу после появления Мадары его окружают Ямато и Какаши: первый создаёт деревянную ловушку, а второй готовит на случай битвы Чидори. Однако Тоби утверждает, что не собирается сражаться, а только пришёл чтобы поговорить о Саске и Итачи. Данзо полностью теряет доверие других Каге. Райкаге, а затем и Казекаге со своими помощниками отправляются чтобы сражаться с Саске. Младший Учиха при помощи Суйгецу и Джуго убивает несколько самураев, после чего готовится вступить в бой с Райкаге.

Серия 203. Путь ниндзя Саске
Мадара Учиха рассказывает Наруто истинную правду об Итачи. По его словам, проклятье клана Учиха в том, что цель их жизни — месть. Райкаге лишается руки. Карин обнаруживает местонахождение Данзо, а Гаара делает безуспешную попытку в последний раз переубедить Саске. Младший Учиха использует третью технику мангекю шарингана — Сусаноо. 

Серия 204. Сила пяти Каге
Наруто, Какаши и Ямато решают пока что никому не сообщать о рассказе Мадары. Киллер Би, ранее спасшийся от Саске на глубине озера, решает на время покинуть своё селение. Саске, используя силу Сусаноо, обрушивает колонны здания, тем самым временно блокируя силы Облака и Песка. Суйгецу и Джуго чудом удаётся выжить. Карин находит Данзо и показывает его местонахождение Саске. Воспользовавшись появлением Саске Данзо со своими телохранителями сбегает, вслед за ним отправляется Ао. Мизукаге и Чоджиро начинают бой против Саске; тому, передавая выкаченную с помощью своих спор чакру Каге, помогает Зетсу. Цучикаге использует против младшего Учихи технику уничтожения на атомном уровне, но того спасает Мадара. 

Серия 205. Объявление войны
Перенесённая Мадарой Карин излечивает Саске. Тоби рассказывает о своём плане «Глаз Луны»: он планирует воссоздать Десятихвостого монстра, собрав воедино всех биджу, чтобы, став его джинчурики и увеличив свою силу, создать генджуцу на весь мир для его контроля. Он предлагает Каге выдать ему двух оставшихся джинчурики (при этом Райкаге узнаёт, что его брат на самом деле на свободе), но лидеры деревень отказываются. Мадара объявляет о начале Четвёртой мировой войны шиноби. Каге решают создать военный альянс стран. 

Серия 206. Чувства Сакуры
Сакура признаётся Наруто в любви, однако тот сразу понимает неискренность слов девушки. После неудавшегося признания Сакура вместе с Кибой, Ли и Саем отправляется на поиски Саске. Каге окончательно формируют военный альянс, его руководителем избирается Эй (Четвёртый Райкаге). Кисаме находит Киллера Би и вступает с ним бой. 

Серия 207. Биджу против Биджу без хвоста
Ао продолжает преследовать Данзо, но попадает в ловушку одного из подчинённых последнего, Фу: выбраться из неё он сумел лишь с помощью подоспевшей Мизукаге. Кисаме продолжает бой с Киллером Би: во время него он сливается с Самехадой, изматывая противника сражением в воде. Однако в последний момент Самехада, которой настолько понравилась чакра джинчурики, отказывается повиноваться Хошигаки. В то же время на помощь подоспевает Райкаге, и братья вдвоём обезглавливают пытавшегося произнести очередную технику Кисаме. 

Серия 208. Как друг
Самураи ловят замаскировавшихся Суйгецу и Джуго. Сай, вопреки обещанию, рассказывает Наруто о том, что синоби Конохи решили сами расправиться с Саске, и что на это готова пойти даже Сакура. Гаара, Темари и Канкуро находят Какаши, Ямато, Наруто и Сая и рассказывают о произошедшем на Совете Каге. Тоби находит Данзо, устраняет его подручных Фу и Торуне и переносит к месту действия Саске и Карин. Саске готовится начать бой с Данзо и выясняется, что в правую руку Хокаге имплантировано множество шаринганов. 

Серия 209. Правая рука Данзо
Какаши решает остановить Сакуру, отправившись за ней вместе с клоном Сая. У Наруто неожиданно начинается одышка, и он теряет сознание. Начинается бой между Саске и Данзо. Данзо подтверждает, что Итачи уничтожил клан Учиха по приказу старейшин Конохи. Саске несколько раз безуспешно пытается убить Данзо. Во время боя внезапно появляется Итачи. 

Серия 210. Запретное доджуцу
Итачи оказывается иллюзией. Саске на время парализован печатью, наложенной на него Данзо во время их столкновения. Карин раскрывает секрет джуцу Данзо - Изанаги (шаринганы на его правой руке). Когда все глаза на руке закроются, Изанаги теряет свою силу. Саске также понимает суть этого джуцу. Остается последний глаз. Саске и Данзо атакуют друг друга и сталкиваются. 

Серия 211. Шимура Данзо
Данзо обнаруживает, что казавшийся открытым глаз, является созданной Саске иллюзией. Учиха наносит ему удар с помощью Чидори, при этом серьёзно ранив Карин. Данзо вспоминает о том, как он соперничал с Третьим Хокаге, после чего активирует обратную Печать Четырёх Символов, пытаясь уничтожить всех в радиусе действия техники. 

Серия 212. Решимость Сакуры
Данзо умирает, так и не сумев убить Саске. Сакура вместе с Саем, Кибой и Ли отправляется на поиски Саске. Сакура, решавшая разобраться с Учихой самостоятельно, усыпляет всех. Какаси продолжает погоню за Сакурой. Найдя Саске, Сакура заявляет, что покинула Коноху и готова присоединиться к команде «Така».

Серия 213. Забытые узы
Наруто просыпается после обморока и застает около себя Ямато, который говорит, что им с Наруто нужно возвращаться в деревню, а с Саске разберется Какаши. Наруто пытается уйти, но Ямато не пускает его. Тогда Наруто прикинулся спящим, подождал, пока Ямато уснет, и сбежал. 

Серия 214. Тяжелое бремя
Саске пытается убить Сакуру, но Какаши отклоняет его атаку и вступает в бой со своим бывшим учеником. Неожиданно после использования Сусаноо Саске начинает слепнуть. Сакура исцеляет Карин, а потом нападает на ослабевшего Саске, который пытается убить её кунаем, но в последний миг появляется Наруто и спасает Сакуру... 

Серия 215. Две судьбы
Какаши продолжает атаковать Саске, но Наруто останавливает Какаши и вступает в схватку вместо него. После чего Наруто рассказывает Саске о том, что он также ненавидел Коноху долгое время... 

Серия 216. Первоклассные Шиноби
Наруто понимает, что он и Саске, стали первоклассными шиноби, и говорит ему, что, если они будут сражатся, то погибнут оба. Учиха обещает Наруто, что он станет его первой жертвой. За Саске на поле боя приходят Зетсу и Тоби, которые его оттуда забирают. Младший Учиха решается и просит Тоби пересадить ему глаза Итачи.